Mit einer Impfung wird auf jeden Fall das Immunsystem belastet, da dieses auf den zugeführten Fremdkörper reagieren muss. Manchmal treten auch Nebenwirkungen auf, mit welchen das Pferd zu kämpfen hat. Daher ist es wichtig, dass das Pony zum impfen gesund ist; ein guter Tierarzt wird das Pony am Impftermin untersuchen und gegebenenfalls die Impfung verschieben.

Ist ein Pony im Turniersport unterwegs, muss es gegen Influenza alle 6 Monate geimpft werden; zu beachten ist hier, dass bis 14 Tage nach der Erstimpfung und 7 Tage nach der Wiederholungsimpfung ein Startverbot gilt.

Ob das Freizeitpony gegen Influenza geimpft werden muss, sollte gut abgewägt werden. Wird das Pony artgerecht und robust gehalten, ist das Immunsystem sehr gut, sodass eine Impfung nicht sein muss. Ein ansonsten gesundes Pony bekommt bei einer Influenza genau wie der Mensch Husten und Fieber. Wie beim Menschen gesundet das Pony am besten durch Ruhe und frische Luft.

Laufen jedoch Ponies in einem Herdenverband mit vielen alten und kranken Tieren (Asthma wäre ein Risiko), kann eine Influenzaimpfung ratsam sein. Sinn macht diese jedoch nur, wenn sie alle 6 Monate wiederholt wird und alle Ponies geimpft werden. Am besten zieht man einen Tierarzt zu Rate; er kann in solch einer Situation sinnvolle Tipps geben.

Gefährlich für Mensch und Tier ist der Tetanus oder Wundstarrkrampf. Es ist eine durch Bakterien verursachte Krankheit. Der Tetanuserreger Clostridium tetani bildet sich im Körper, wenn durch Verletzungen Bakteriensporen in den Korper gelangen. Schließt sich eine Wunde schnell, ist kein Sauerstoff vorhanden und das Bakterium produziert das Nervengift Tetanustoxin. Nach einigen Tagen bis Wochen zeigen sich beim Pony die ersten Symptome. Hierzu zählen weite Nüstern, steife Muskeln und das Pony kann so gut wie nicht schlucken und fressen. Innerhalb von 10 Tagen nach den ersten Symptomen stirb das Pony - meist wird es vorher schon eingeschläfert, da die Schmerzen unerträglich sind. Tetanus kann man durch eine Impfung sehr gut vorbeugen - auch Fohlen sollten so früh wie möglich geimpft werden. Der Impfstoff kann alle 2 Jahre aufgefrischt werden.

Herpesviren sind hauptsächlich für tragende Stuten gefährlich, da es zu einem Abort kommen kann, Tollwutimpfungen lohnen sich nur in einem gefährdeten Bezirk, da Tollwut nur durch Bisswunden übertragen werden kann.